به تعبير ديگر، قرآن كريم اثرى عمومى دارد كه هدايت عامه مردم و نشان دادن راه وجدا سازى آن از چاه است و اثرى خصوصى دارد كه فرقان علمى و عملى است و انسان سالك شايستگى دريافت آن را پيدا مى‏كند. در پرتو فرقان علمى، انسان سالك هم از نظر عقل و استدلال نيروى تشخيص مى‏يابد و مى‏تواند مسائل را خوب بفهمد و هم از نظر كشف و شهود، ديده بصيرتش گشوده مى‏شود، نخست در خواب و سپس در بيدارى، حالات خوبى نصيب او مى‏شود و حقايقى برايش متمثل مى‏شود كه ديگران از مشاهده آنان محرومند. ثمره فرقان علمى آن است كه چنين سالكى خواه با علم حصولى و خواه با علم حضورى، توان تشخيص بين حق و باطل را دارد. و اگر به اين بصيرت علمى حرمت نهاد و به آنچه فهميد عمل كرد، رفته رفته فرقان عملى به او اعطا مى‏شود.
فرقان عملى همان گرايش قلبى به حق و گريز و دورى از باطل است. انس با قرآن و نفوذ معارف آن در دل و جان موجب مى‏شود كه انسان، زشتى و پليدى گناه را ببيند و بوى بد گناهان، شامه روحش را آزرده سازد؛همان گونه كه انسان از بوى مردار آزرده مى‏گردد. از اين رو در قرآن كريم آمده: يا أيها الذين امنوا ان تتقوا اللّه يجعل لكم فرقانا (5) اگر در مسير تقوا بيفتيد، خداوند به شما فرقان حق و باطل مى‏دهد. براى تبيين مسئله گوش دل را به روايتى از امام كاظم (عليه السلام) بسپاريم .

روايتى از امام كاظم (عليه السلام) 
 

ازامام كاظم (سلام اللّه عليه) پرسيدند: فرشتگان چگونه نيت اعمال انسان را مى‏فهمند و چگونه خاطرات قلبى بشر را ثبت مى‏كنند؟ آن حضرت فرمودند: آيا بوى كثافات چاه و بوى عطر باغ يكسان است؟. راوى عرض كرد: نه. امام فرمود: همان طور كه شما از بوى خوب به باغ گل پى مى‏بريد و از بوى بد مى‏فهميد كه آنجا چاه متعفن است، فرشتگان نيز از بوى درون اشخاص مى‏فهمند كه آنها نيّت خير و ثواب كرده‏اند يا قصد شر و معصيت دارند. گناه تعفنى است كه بوى بد دارد و فرموده‏اند: تعطروا بالاستغفار لا يفضحنكم روائح الذنوب (6) با استغفار خود را معطر كنيد تا بوى بد گناهان رسوايتان نسازد.
كسى كه شامه و ذائقه معنوى دارد، بوى بد معصيت را مى‏تواند بفهمد؛ فرقان همين است و سبب مى‏شود كه حسن و قبح بسيارى از امور را درك كند گرچه نتواند براى آن استدلال كند. چنين شخصى كه شاگرد مكتب قرآن است و تعاليم معطر آن را با دل و جان در خود پذيرفته، در قلبش گرايش به امورى دارد؛ نظير ميل به بعضى از غذاها يا برخى رنگها يا تنفر از آنها كه يدرك ولا يوسف است، درك مى‏شود ولى به وصف نمى‏آيد و قابل استدل نيست .
البته اين فرقان و گرايش درونى از شئون عقل عملى است كه درباره آن فرموده‏اند: العقل... ما عبد به الرحمن و اكتسب به الجنان (7) عقل چيزى است كه به وسيله آن خداى رحمان عبادت، و بهشت و جنان كسب مى‏شود. پس فرقان علمى گاهى به صورت برهان حصولى است و گاهى به صورت وجدان حضورى و فرقان علمى همان‏گرايش به محاسن و گريز از زشتيها پس از بوييدن عطر اول و تعفن دوم است.